Apa yang mengatalisis pembentukan ikatan peptida dalam ribosom?

Pusat peptidil transferase subunit besar merupakan katalis berbasis RNA: rRNA 23S pada bakteri dan rRNA 28S pada ribosom sitoplasmik manusia membentuk inti katalitiknya.

Ikatan laso apa yang terbentuk saat penyambungan oleh spliceosome?

Ujung 5′ intron terhubung ke adenosin titik percabangan melalui ikatan fosfodiester 2′–5′, membentuk zat antara bercabang berbentuk laso.

Apa PAM kanonik SpCas9 yang umum digunakan, dan apa fungsinya?

Motif DNA 5′-NGG-3′, dengan N sebagai basa apa pun, terletak di samping sasaran yang cocok dengan pemandu. Pengenalan PAM membantu SpCas9 mengikat dan memotong DNA; persyaratan PAM berbeda antarprotein Cas dan variannya.

Bagaimana terminator intrinsik transkripsi bakteri yang khas bekerja?

Struktur jepit rambut RNA kaya GC yang diikuti ruas kaya U mendorong jeda dan mengganggu kestabilan kompleks transkripsi, sehingga RNA dapat dilepas tanpa faktor Rho.

Apa yang dikenali TBP pada promotor RNA polimerase II yang mengandung TATA?

Kotak TATA, sering sekitar 25–30 pasangan basa di hulu titik awal. TBP merupakan bagian TFIID; tidak semua promotor polimerase II memiliki kotak TATA.

Mengapa DNA bergerak ke anoda dalam gel agarosa, dan bagaimana fragmen linear dipisahkan?

Tulang punggung fosfatnya bermuatan negatif. Dalam kondisi umum, fragmen DNA linear yang sebanding akan bermigrasi lebih cepat bila lebih kecil; konformasi dan kondisi gel juga memengaruhi migrasi.

Bagaimana kelimpahan tRNAᵀʳᵖ yang telah membawa triptofan mendorong atenuasi operon trp E. coli?

Ribosom menerjemahkan kodon Trp di daerah pemimpin tanpa terhenti. Hal ini mendukung jepit rambut terminator 3–4, bukan antiterminator 2–3, sehingga transkripsi berakhir lebih awal.

Mesin apa yang membuang sebagian besar intron pre-mRNA nuklir, dan apa dinukleotida batas yang lazim?

Spliceosome mayor memakai snRNP U1, U2, U4, U5, dan U6. Sebagian besar intron yang diprosesnya dimulai dengan 5′-GU dan berakhir dengan AG-3′; ada pengecualian dan spliceosome minor.

Mengapa ddNTP menghentikan sintesis DNA dalam sekuensing Sanger?

ddNTP tidak memiliki 3′-OH yang diperlukan untuk menambahkan nukleotida berikutnya. Nukleotida DNA normal memang tidak memiliki 2′-OH, jadi ketiadaan gugus itu bukan penyebab penghentian rantai.

Apa represor dan penginduksi fisiologis operon lac E. coli?

LacI merupakan represor yang mengikat operator. Alolaktosa, yang dibuat β-galaktosidase dari laktosa, mengikat LacI dan mengurangi pengikatannya pada operator.

Bagaimana enhancer eukariotik dapat meningkatkan transkripsi dari promotor yang jauh?

Protein aktivator mengikat DNA pengatur cis ini. Pelipatan kromatin dapat mendekatkan protein terkait enhancer ke promotor; kofaktor seperti Mediator membantu pengaturan. Mekanismenya bergantung pada konteks.

Bagaimana SpCas9 yang diarahkan pemandu menghasilkan patahan DNA untai ganda?

RNA pemandu menempatkan Cas9. Domain HNH memotong untai yang komplementer terhadap pemandu, sedangkan domain RuvC memotong untai lainnya, biasanya sekitar tiga pasangan basa di hulu PAM.

Komponen RNA polimerase apa yang mengenali elemen promotor −10 dan −35 yang lazim pada E. coli?

Faktor sigma σ⁷⁰, yang membantu holoenzim RNA polimerase bakteri mengenali promotor tersebut.

Kodon stop standar apa yang memicu pelepasan polipeptida, dan apa yang mengenalinya?

UAA, UAG, dan UGA dikenali oleh faktor pelepas berupa protein di situs A ribosom. Faktor tersebut mendorong hidrolisis ikatan yang menghubungkan polipeptida dengan tRNA-nya.

Tiga proses apa yang lazim mematangkan pre-mRNA eukariotik berintron?

Penambahan tudung 7-metilguanosin pada 5′, penghilangan intron disertai penyambungan ekson, serta pemotongan 3′ yang diikuti penambahan ekor poli(A). Ini jalur umum, bukan syarat bagi setiap transkrip.

Bagaimana triptofan mengurangi inisiasi transkripsi operon trp E. coli?

Triptofan bertindak sebagai korepresor: mengikat TrpR sehingga represor dapat mengikat operator dan mengurangi inisiasi transkripsi.

Penanda protein apa yang dapat mengarahkan protein ke proteasom 26S?

Ubikuitin, yang dilekatkan melalui jalur E1–E2–E3. Rantai poliubikuitin yang sesuai dapat menandai degradasi proteasomal; ubikuitinasi juga memiliki fungsi tanpa degradasi.

Bagaimana histon asetiltransferase dan deasetilase memengaruhi kromatin?

HAT menambahkan gugus asetil ke lisin, menetralkan muatan positifnya dan sering meningkatkan aksesibilitas. HDAC membuang gugus tersebut dan sering mendukung represi. Tidak satu pun modifikasi menjamin aktivitas gen tertentu.

Bagaimana metilasi pulau CpG promotor mamalia dapat menekan transkripsi?

Metilasi dapat merekrut represor pengikat metil-CpG dan protein pemodifikasi kromatin, sering mengurangi aksesibilitas promotor dan transkripsi. Pengaruhnya bergantung pada konteks genom dan sel.

Mengapa Taq polimerase mendukung siklus termal PCR berulang?

Kestabilan terhadap panas memungkinkan aktivitas yang cukup bertahan setelah tahap denaturasi bersuhu tinggi yang singkat dan berulang, sehingga enzim tidak perlu diganti setiap siklus. Namun, inaktivasi termal tetap dapat terjadi.

Elemen pengikatan ribosom yang umum pada bakteri apa yang membantu menempatkan kodon awal?

Urutan Shine–Dalgarno, sering dinyatakan dengan konsensus AGGAGG, berpasangan dengan ujung 3′ rRNA 16S. Tidak semua mRNA bakteri menggunakan elemen ini.

Apakah transkripsi balik bertentangan dengan dogma sentral asli Crick?

Tidak. Jalur ekspresi yang lazim ialah DNA → RNA → protein, sedangkan transkriptase balik menyalin RNA menjadi DNA. Dogma Crick meniadakan transfer informasi urutan dari protein kembali ke asam nukleat atau ke urutan protein lain.

Bagaimana penyambungan alternatif dapat meningkatkan keragaman protein dari satu gen?

Pemilihan lokasi penyambungan dan kombinasi ekson yang berbeda dapat menghasilkan mRNA serta isoform protein berbeda. Tidak setiap produk penyambungan menghasilkan protein yang stabil dan berfungsi.

Apakah semua enzim restriksi tipe II mengenali urutan palindromik?

Tidak. EcoRI mengenali palindrom 5′-GAATTC-3′, yang terbaca sama dari 5′→3′ pada kedua untai. Enzim tipe IIS termasuk tipe II, mengenali urutan asimetris dan memotong di luarnya.

Apa tiga tahap siklus PCR berbasis Taq yang khas?

Denaturasi DNA sekitar 94–96°C, penempelan primer sering sekitar 50–65°C, dan pemanjangan sekitar 72°C. Suhu sebenarnya bergantung pada primer, enzim, dan protokol.

Apa arti degenerasi kode genetik standar?

Kodon berbeda dapat menentukan asam amino yang sama; misalnya enam kodon menentukan leusin. Ini tidak berarti setiap kodon lazimnya menentukan beberapa asam amino.

Pada jalur miRNA hewan yang kanonik, enzim apa yang memproses pre-miRNA setelah diekspor ke sitoplasma?

Dicer memotong prekursor jepit rambut menjadi dupleks RNA pendek, biasanya sekitar 21–23 nukleotida per untai. Interferensi RNA menggunakan RNA pemandu kecil untuk mengurangi ekspresi gen; tidak semua miRNA mengikuti jalur ini.

Kapan CAP–cAMP mengaktifkan operon lac E. coli dengan kuat?

Glukosa rendah umumnya menaikkan cAMP, sehingga CAP/CRP–cAMP membantu perekrutan RNA polimerase. Transkripsi kuat juga memerlukan pelepasan represi LacI, biasanya oleh alolaktosa; glukosa rendah saja tidak cukup.

Apa yang dimungkinkan oleh pasangan basa goyah saat translasi?

Pemasangan fleksibel antara basa ketiga kodon dan basa pertama (5′) antikodon memungkinkan satu tRNA mengenali beberapa kodon sinonim. Inosin dapat berpasangan dengan U, C, atau A pada posisi ini.

Kompleks apa yang memakai pemandu miRNA atau siRNA untuk membungkam mRNA sasaran?

RISC, kompleks pembungkaman yang diinduksi RNA, mengandung protein Argonaute yang mengikat pemandu. Pembungkaman dapat melibatkan pemotongan RNA, penguraian, atau represi translasi; tidak semua Argonaute memiliki aktivitas pemotongan.

Apa perbedaan eukromatin dan heterokromatin?

Eukromatin umumnya kurang padat dan lebih mudah diakses; heterokromatin lebih padat dan biasanya represif. Aksesibilitas memungkinkan transkripsi, tetapi tidak berarti setiap gen aktif.

Apa yang terutama ditranskripsi oleh RNA polimerase nuklir I, II, dan III dalam sel manusia?

I: prekursor rRNA 18S, 5.8S, dan 28S. II: pre-mRNA pengode protein dan banyak snRNA. III: tRNA, rRNA 5S, dan beberapa RNA kecil lainnya.

Biologi Molekuler, Epigenetika, Regulasi Gen, dan Bioteknologi

32 kartu ulasan tentang transkripsi, pemrosesan RNA, translasi, regulasi gen, dan metode laboratorium molekuler. Mengasumsikan pengetahuan pengantar biologi sel dan genetika.

Level: advanced
Languages: id → id
Cards: 32
Markdown: Biologi Molekuler, Epigenetika, Regulasi Gen, dan Bioteknologi (.md)

Flashcards (32)

#	Front (Term / Question)	Back (Definition / Answer)
1	Apa yang mengatalisis pembentukan ikatan peptida dalam ribosom?	Pusat peptidil transferase subunit besar merupakan katalis berbasis RNA: rRNA 23S pada bakteri dan rRNA 28S pada ribosom sitoplasmik manusia membentuk inti katalitiknya.
2	Ikatan laso apa yang terbentuk saat penyambungan oleh spliceosome?	Ujung 5′ intron terhubung ke adenosin titik percabangan melalui ikatan fosfodiester 2′–5′, membentuk zat antara bercabang berbentuk laso.
3	Apa PAM kanonik SpCas9 yang umum digunakan, dan apa fungsinya?	Motif DNA 5′-NGG-3′, dengan N sebagai basa apa pun, terletak di samping sasaran yang cocok dengan pemandu. Pengenalan PAM membantu SpCas9 mengikat dan memotong DNA; persyaratan PAM berbeda antarprotein Cas dan variannya.
4	Bagaimana terminator intrinsik transkripsi bakteri yang khas bekerja?	Struktur jepit rambut RNA kaya GC yang diikuti ruas kaya U mendorong jeda dan mengganggu kestabilan kompleks transkripsi, sehingga RNA dapat dilepas tanpa faktor Rho.
5	Apa yang dikenali TBP pada promotor RNA polimerase II yang mengandung TATA?	Kotak TATA, sering sekitar 25–30 pasangan basa di hulu titik awal. TBP merupakan bagian TFIID; tidak semua promotor polimerase II memiliki kotak TATA.
6	Mengapa DNA bergerak ke anoda dalam gel agarosa, dan bagaimana fragmen linear dipisahkan?	Tulang punggung fosfatnya bermuatan negatif. Dalam kondisi umum, fragmen DNA linear yang sebanding akan bermigrasi lebih cepat bila lebih kecil; konformasi dan kondisi gel juga memengaruhi migrasi.
7	Bagaimana kelimpahan tRNAᵀʳᵖ yang telah membawa triptofan mendorong atenuasi operon trp E. coli?	Ribosom menerjemahkan kodon Trp di daerah pemimpin tanpa terhenti. Hal ini mendukung jepit rambut terminator 3–4, bukan antiterminator 2–3, sehingga transkripsi berakhir lebih awal.
8	Mesin apa yang membuang sebagian besar intron pre-mRNA nuklir, dan apa dinukleotida batas yang lazim?	Spliceosome mayor memakai snRNP U1, U2, U4, U5, dan U6. Sebagian besar intron yang diprosesnya dimulai dengan 5′-GU dan berakhir dengan AG-3′; ada pengecualian dan spliceosome minor.
9	Mengapa ddNTP menghentikan sintesis DNA dalam sekuensing Sanger?	ddNTP tidak memiliki 3′-OH yang diperlukan untuk menambahkan nukleotida berikutnya. Nukleotida DNA normal memang tidak memiliki 2′-OH, jadi ketiadaan gugus itu bukan penyebab penghentian rantai.
10	Apa represor dan penginduksi fisiologis operon lac E. coli?	LacI merupakan represor yang mengikat operator. Alolaktosa, yang dibuat β-galaktosidase dari laktosa, mengikat LacI dan mengurangi pengikatannya pada operator.
11	Bagaimana enhancer eukariotik dapat meningkatkan transkripsi dari promotor yang jauh?	Protein aktivator mengikat DNA pengatur cis ini. Pelipatan kromatin dapat mendekatkan protein terkait enhancer ke promotor; kofaktor seperti Mediator membantu pengaturan. Mekanismenya bergantung pada konteks.
12	Bagaimana SpCas9 yang diarahkan pemandu menghasilkan patahan DNA untai ganda?	RNA pemandu menempatkan Cas9. Domain HNH memotong untai yang komplementer terhadap pemandu, sedangkan domain RuvC memotong untai lainnya, biasanya sekitar tiga pasangan basa di hulu PAM.
13	Komponen RNA polimerase apa yang mengenali elemen promotor −10 dan −35 yang lazim pada E. coli?	Faktor sigma σ⁷⁰, yang membantu holoenzim RNA polimerase bakteri mengenali promotor tersebut.
14	Kodon stop standar apa yang memicu pelepasan polipeptida, dan apa yang mengenalinya?	UAA, UAG, dan UGA dikenali oleh faktor pelepas berupa protein di situs A ribosom. Faktor tersebut mendorong hidrolisis ikatan yang menghubungkan polipeptida dengan tRNA-nya.
15	Tiga proses apa yang lazim mematangkan pre-mRNA eukariotik berintron?	Penambahan tudung 7-metilguanosin pada 5′, penghilangan intron disertai penyambungan ekson, serta pemotongan 3′ yang diikuti penambahan ekor poli(A). Ini jalur umum, bukan syarat bagi setiap transkrip.
16	Bagaimana triptofan mengurangi inisiasi transkripsi operon trp E. coli?	Triptofan bertindak sebagai korepresor: mengikat TrpR sehingga represor dapat mengikat operator dan mengurangi inisiasi transkripsi.
17	Penanda protein apa yang dapat mengarahkan protein ke proteasom 26S?	Ubikuitin, yang dilekatkan melalui jalur E1–E2–E3. Rantai poliubikuitin yang sesuai dapat menandai degradasi proteasomal; ubikuitinasi juga memiliki fungsi tanpa degradasi.
18	Bagaimana histon asetiltransferase dan deasetilase memengaruhi kromatin?	HAT menambahkan gugus asetil ke lisin, menetralkan muatan positifnya dan sering meningkatkan aksesibilitas. HDAC membuang gugus tersebut dan sering mendukung represi. Tidak satu pun modifikasi menjamin aktivitas gen tertentu.
19	Bagaimana metilasi pulau CpG promotor mamalia dapat menekan transkripsi?	Metilasi dapat merekrut represor pengikat metil-CpG dan protein pemodifikasi kromatin, sering mengurangi aksesibilitas promotor dan transkripsi. Pengaruhnya bergantung pada konteks genom dan sel.
20	Mengapa Taq polimerase mendukung siklus termal PCR berulang?	Kestabilan terhadap panas memungkinkan aktivitas yang cukup bertahan setelah tahap denaturasi bersuhu tinggi yang singkat dan berulang, sehingga enzim tidak perlu diganti setiap siklus. Namun, inaktivasi termal tetap dapat terjadi.
21	Elemen pengikatan ribosom yang umum pada bakteri apa yang membantu menempatkan kodon awal?	Urutan Shine–Dalgarno, sering dinyatakan dengan konsensus AGGAGG, berpasangan dengan ujung 3′ rRNA 16S. Tidak semua mRNA bakteri menggunakan elemen ini.
22	Apakah transkripsi balik bertentangan dengan dogma sentral asli Crick?	Tidak. Jalur ekspresi yang lazim ialah DNA → RNA → protein, sedangkan transkriptase balik menyalin RNA menjadi DNA. Dogma Crick meniadakan transfer informasi urutan dari protein kembali ke asam nukleat atau ke urutan protein lain.
23	Bagaimana penyambungan alternatif dapat meningkatkan keragaman protein dari satu gen?	Pemilihan lokasi penyambungan dan kombinasi ekson yang berbeda dapat menghasilkan mRNA serta isoform protein berbeda. Tidak setiap produk penyambungan menghasilkan protein yang stabil dan berfungsi.
24	Apakah semua enzim restriksi tipe II mengenali urutan palindromik?	Tidak. EcoRI mengenali palindrom 5′-GAATTC-3′, yang terbaca sama dari 5′→3′ pada kedua untai. Enzim tipe IIS termasuk tipe II, mengenali urutan asimetris dan memotong di luarnya.
25	Apa tiga tahap siklus PCR berbasis Taq yang khas?	Denaturasi DNA sekitar 94–96°C, penempelan primer sering sekitar 50–65°C, dan pemanjangan sekitar 72°C. Suhu sebenarnya bergantung pada primer, enzim, dan protokol.
26	Apa arti degenerasi kode genetik standar?	Kodon berbeda dapat menentukan asam amino yang sama; misalnya enam kodon menentukan leusin. Ini tidak berarti setiap kodon lazimnya menentukan beberapa asam amino.
27	Pada jalur miRNA hewan yang kanonik, enzim apa yang memproses pre-miRNA setelah diekspor ke sitoplasma?	Dicer memotong prekursor jepit rambut menjadi dupleks RNA pendek, biasanya sekitar 21–23 nukleotida per untai. Interferensi RNA menggunakan RNA pemandu kecil untuk mengurangi ekspresi gen; tidak semua miRNA mengikuti jalur ini.
28	Kapan CAP–cAMP mengaktifkan operon lac E. coli dengan kuat?	Glukosa rendah umumnya menaikkan cAMP, sehingga CAP/CRP–cAMP membantu perekrutan RNA polimerase. Transkripsi kuat juga memerlukan pelepasan represi LacI, biasanya oleh alolaktosa; glukosa rendah saja tidak cukup.
29	Apa yang dimungkinkan oleh pasangan basa goyah saat translasi?	Pemasangan fleksibel antara basa ketiga kodon dan basa pertama (5′) antikodon memungkinkan satu tRNA mengenali beberapa kodon sinonim. Inosin dapat berpasangan dengan U, C, atau A pada posisi ini.
30	Kompleks apa yang memakai pemandu miRNA atau siRNA untuk membungkam mRNA sasaran?	RISC, kompleks pembungkaman yang diinduksi RNA, mengandung protein Argonaute yang mengikat pemandu. Pembungkaman dapat melibatkan pemotongan RNA, penguraian, atau represi translasi; tidak semua Argonaute memiliki aktivitas pemotongan.
31	Apa perbedaan eukromatin dan heterokromatin?	Eukromatin umumnya kurang padat dan lebih mudah diakses; heterokromatin lebih padat dan biasanya represif. Aksesibilitas memungkinkan transkripsi, tetapi tidak berarti setiap gen aktif.
32	Apa yang terutama ditranskripsi oleh RNA polimerase nuklir I, II, dan III dalam sel manusia?	I: prekursor rRNA 18S, 5.8S, dan 28S. II: pre-mRNA pengode protein dan banyak snRNA. III: tRNA, rRNA 5S, dan beberapa RNA kecil lainnya.