Quins són el repressor i l'inductor fisiològic de l'operó lac d'E. coli?

LacI és el repressor que s'uneix a l'operador. L'al·lolactosa, produïda a partir de lactosa per la β-galactosidasa, s'uneix a LacI i en redueix la unió a l'operador.

Com pot un potenciador eucariota augmentar la transcripció des d'un promotor distant?

Proteïnes activadores s'uneixen a aquest ADN regulador en cis. El plegament de la cromatina pot acostar al promotor les proteïnes associades al potenciador; cofactors com Mediator contribueixen a la regulació. El mecanisme depèn del context.

Què permet l'aparellament oscil·lant durant la traducció?

La flexibilitat entre la tercera base del codó i la primera base (5′) de l'anticodó permet que un ARNt reconegui diversos codons sinònims. La inosina pot aparellar-se amb U, C o A en aquesta posició.

Quin és el PAM canònic de la SpCas9 d'ús habitual i quina funció té?

El motiu d'ADN 5′-NGG-3′, on N és qualsevol base, és al costat de la diana complementària a la guia. Reconèixer el PAM ajuda SpCas9 a unir-se a l'ADN i tallar-lo; els requisits de PAM varien entre proteïnes Cas i variants.

Què reconeix TBP en un promotor de l'ARN-polimerasa II que conté una caixa TATA?

La caixa TATA, sovint uns 25–30 parells de bases abans de l'inici de la transcripció. TBP forma part de TFIID; no tots els promotors de la polimerasa II contenen una caixa TATA.

En què es diferencien l'eucromatina i l'heterocromatina?

L'eucromatina sol ser menys compacta i més accessible; l'heterocromatina és més compacta i generalment repressiva. L'accessibilitat permet la transcripció, però no significa que tots els gens estiguin actius.

Quin complex utilitza guies de miARN o siARN per silenciar ARNm diana?

RISC, el complex de silenciament induït per ARN, conté una proteïna Argonauta que uneix la guia. El silenciament pot implicar tall de l'ARN, degradació o repressió de la traducció; no totes les Argonautes tenen activitat de tall.

Per què la polimerasa Taq permet repetir els cicles tèrmics de PCR?

L'estabilitat tèrmica permet conservar prou activitat després de passos breus i repetits de desnaturalització a alta temperatura, evitant substituir l'enzim a cada cicle. Tot i així, pot patir inactivació tèrmica.

Com redueix el triptòfan l'inici de la transcripció de l'operó trp d'E. coli?

Actua com a corepressor: s'uneix a TrpR i permet que el repressor s'uneixi a l'operador i redueixi l'inici de la transcripció.

Per què els ddNTP aturen la síntesi d'ADN en la seqüenciació de Sanger?

No tenen el grup 3′-OH necessari per afegir el nucleòtid següent. Els nucleòtids normals de l'ADN ja no tenen 2′-OH, de manera que l'absència d'aquest grup no causa l'aturada de la cadena.

Quina marca proteica pot dirigir una proteïna al proteasoma 26S?

La ubiquitina, unida mitjançant la via E1–E2–E3. Cadenes de poliubiquitina adequades poden senyalitzar la degradació proteasòmica; la ubiquitinació també té funcions no degradatives.

Per què l'ADN es desplaça cap a l'ànode en gels d'agarosa i com se separen els fragments lineals?

L'esquelet de fosfats té càrrega negativa. En condicions habituals, els fragments lineals comparables més petits migren més de pressa; la conformació i les condicions del gel també hi influeixen.

Com pot reprimir la transcripció la metilació d'illes CpG promotores en mamífers?

Pot reclutar repressors que reconeixen CpG metilat i proteïnes modificadores de la cromatina, sovint reduint l'accessibilitat del promotor i la transcripció. L'efecte depèn del context genòmic i cel·lular.

Quins tres processos solen madurar un pre-ARNm eucariota amb introns?

Addició d'una caputxa de 7-metilguanosina a 5′, eliminació d'introns amb unió d'exons, i tall a 3′ seguit de l'addició d'una cua poli(A). Són vies habituals, no requisits de tots els transcrits.

Quina maquinària elimina la majoria dels introns del pre-ARNm nuclear i quins en són els dinucleòtids limítrofs habituals?

L'espliceosoma major utilitza les snRNP U1, U2, U4, U5 i U6. La majoria dels seus introns comencen amb 5′-GU i acaben amb AG-3′; hi ha excepcions i un espliceosoma menor.

Quines són les tres etapes d'un cicle típic de PCR amb Taq?

Desnaturalització de l'ADN a uns 94–96°C, hibridació dels encebadors sovint entorn de 50–65°C i extensió al voltant de 72°C. Les temperatures reals depenen dels encebadors, l'enzim i el protocol.

Com afavoreix l'atenuació de l'operó trp d'E. coli l'abundància d'ARNtᵀʳᵖ carregat?

El ribosoma tradueix sense aturar-se els codons Trp de la regió líder. Això afavoreix la forquilla terminadora 3–4 en lloc de l'antiterminadora 2–3 i causa una terminació primerenca de la transcripció.

Què transcriuen principalment les ARN-polimerases nuclears I, II i III en cèl·lules humanes?

I: un precursor dels ARNr 18S, 5.8S i 28S. II: pre-ARNm que codifiquen proteïnes i molts ARN nuclears petits. III: ARNt, ARNr 5S i altres ARN petits.

Què catalitza la formació de l'enllaç peptídic al ribosoma?

El centre peptidil-transferasa de la subunitat gran és un catalitzador basat en ARN: el seu nucli catalític el formen l'ARNr 23S en bacteris i l'ARNr 28S als ribosomes citoplasmàtics humans.

Com produeix SpCas9 dirigida per una guia una ruptura de doble cadena de l'ADN?

L'ARN guia posiciona Cas9. El domini HNH talla la cadena complementària a la guia i el domini RuvC talla l'altra, normalment prop de tres parells de bases abans del PAM.

Quin element bacterià freqüent d'unió al ribosoma ajuda a situar el codó d'inici?

La seqüència de Shine–Dalgarno, sovint representada pel consens AGGAGG, s'aparella amb l'extrem 3′ de l'ARNr 16S. No tots els ARNm bacterians utilitzen aquest element.

Com afecten la cromatina les acetiltransferases i desacetilases d’histones?

Les HAT afegeixen grups acetil a lisines, neutralitzant-ne la càrrega positiva i afavorint sovint l'accessibilitat. Les HDAC eliminen aquests grups i sovint afavoreixen la repressió. Cap de les dues modificacions garanteix l'activitat d'un gen concret.

Com pot l'empalmament alternatiu augmentar la diversitat proteica d'un sol gen?

Diferents eleccions de llocs d'empalmament i combinacions d'exons poden produir diferents ARNm i isoformes proteiques. No tots els productes d'empalmament originen una proteïna estable i funcional.

Quins codons d'aturada del codi estàndard desencadenen l'alliberament del polipèptid i què els reconeix?

UAA, UAG i UGA són reconeguts per factors proteics d'alliberament al lloc A del ribosoma. Afavoreixen la hidròlisi de l'enllaç que uneix el polipèptid al seu ARNt.

Com funciona un terminador intrínsec típic de la transcripció bacteriana?

Una forquilla d'ARN rica en GC seguida d'un tram ric en U afavoreix la pausa i desestabilitza el complex de transcripció, permetent alliberar l'ARN sense el factor Rho.

Quan activa intensament CAP–AMPc l'operó lac d'E. coli?

L'escassetat de glucosa sol elevar l'AMPc i permet que CAP/CRP–AMPc faciliti el reclutament de l'ARN-polimerasa. Una transcripció intensa també requereix alleujar la repressió per LacI, normalment amb al·lolactosa; l'escassetat de glucosa sola no basta.

Quin component de l'ARN-polimerasa reconeix els elements promotors habituals −10 i −35 d'E. coli?

El factor sigma σ⁷⁰, que ajuda l'holoenzim de l'ARN-polimerasa bacteriana a reconèixer aquests promotors.

La transcripció inversa contradiu el dogma central original de Crick?

No. La via habitual d'expressió és ADN → ARN → proteïna, mentre que la transcriptasa inversa copia ARN en ADN. El dogma de Crick exclou transferir informació de seqüència des d'una proteïna cap a un àcid nucleic o una altra seqüència proteica.

En la via canònica del miARN animal, quin enzim processa el pre-miARN després de l'exportació al citoplasma?

Dicer talla el precursor en forquilla i forma un dúplex curt d'ARN, habitualment d'uns 21–23 nucleòtids per cadena. La interferència d'ARN utilitza petits ARN guia per reduir l'expressió gènica; no tots els miARN segueixen aquesta via.

Quin enllaç del llaç es forma durant l'empalmament espliceosomal?

L'extrem 5′ de l'intró s'uneix a l'adenosina del punt de ramificació mitjançant un enllaç fosfodièster 2′–5′, formant un intermediari ramificat en llaç.

Tots els enzims de restricció de tipus II reconeixen seqüències palindròmiques?

No. EcoRI reconeix el palíndrom 5′-GAATTC-3′, que es llegeix igual de 5′→3′ en totes dues cadenes. Els enzims de tipus IIS pertanyen al tipus II, reconeixen seqüències asimètriques i tallen fora d'aquestes.

Què significa la degeneració del codi genètic estàndard?

Diferents codons poden especificar el mateix aminoàcid; per exemple, sis codons especifiquen leucina. No vol dir que cada codó especifiqui habitualment diversos aminoàcids.

Biologia Molecular, Epigenètica, Regulació Gènica i Biotecnologia

32 targetes de repàs sobre transcripció, processament de l'ARN, traducció, regulació gènica i mètodes de laboratori molecular. Requereix coneixements bàsics de biologia cel·lular i genètica.

Level: advanced
Languages: ca → ca
Cards: 32
Markdown: Biologia Molecular, Epigenètica, Regulació Gènica i Biotecnologia (.md)

Flashcards (32)

#	Front (Term / Question)	Back (Definition / Answer)
1	Quins són el repressor i l'inductor fisiològic de l'operó lac d'E. coli?	LacI és el repressor que s'uneix a l'operador. L'al·lolactosa, produïda a partir de lactosa per la β-galactosidasa, s'uneix a LacI i en redueix la unió a l'operador.
2	Com pot un potenciador eucariota augmentar la transcripció des d'un promotor distant?	Proteïnes activadores s'uneixen a aquest ADN regulador en cis. El plegament de la cromatina pot acostar al promotor les proteïnes associades al potenciador; cofactors com Mediator contribueixen a la regulació. El mecanisme depèn del context.
3	Què permet l'aparellament oscil·lant durant la traducció?	La flexibilitat entre la tercera base del codó i la primera base (5′) de l'anticodó permet que un ARNt reconegui diversos codons sinònims. La inosina pot aparellar-se amb U, C o A en aquesta posició.
4	Quin és el PAM canònic de la SpCas9 d'ús habitual i quina funció té?	El motiu d'ADN 5′-NGG-3′, on N és qualsevol base, és al costat de la diana complementària a la guia. Reconèixer el PAM ajuda SpCas9 a unir-se a l'ADN i tallar-lo; els requisits de PAM varien entre proteïnes Cas i variants.
5	Què reconeix TBP en un promotor de l'ARN-polimerasa II que conté una caixa TATA?	La caixa TATA, sovint uns 25–30 parells de bases abans de l'inici de la transcripció. TBP forma part de TFIID; no tots els promotors de la polimerasa II contenen una caixa TATA.
6	En què es diferencien l'eucromatina i l'heterocromatina?	L'eucromatina sol ser menys compacta i més accessible; l'heterocromatina és més compacta i generalment repressiva. L'accessibilitat permet la transcripció, però no significa que tots els gens estiguin actius.
7	Quin complex utilitza guies de miARN o siARN per silenciar ARNm diana?	RISC, el complex de silenciament induït per ARN, conté una proteïna Argonauta que uneix la guia. El silenciament pot implicar tall de l'ARN, degradació o repressió de la traducció; no totes les Argonautes tenen activitat de tall.
8	Per què la polimerasa Taq permet repetir els cicles tèrmics de PCR?	L'estabilitat tèrmica permet conservar prou activitat després de passos breus i repetits de desnaturalització a alta temperatura, evitant substituir l'enzim a cada cicle. Tot i així, pot patir inactivació tèrmica.
9	Com redueix el triptòfan l'inici de la transcripció de l'operó trp d'E. coli?	Actua com a corepressor: s'uneix a TrpR i permet que el repressor s'uneixi a l'operador i redueixi l'inici de la transcripció.
10	Per què els ddNTP aturen la síntesi d'ADN en la seqüenciació de Sanger?	No tenen el grup 3′-OH necessari per afegir el nucleòtid següent. Els nucleòtids normals de l'ADN ja no tenen 2′-OH, de manera que l'absència d'aquest grup no causa l'aturada de la cadena.
11	Quina marca proteica pot dirigir una proteïna al proteasoma 26S?	La ubiquitina, unida mitjançant la via E1–E2–E3. Cadenes de poliubiquitina adequades poden senyalitzar la degradació proteasòmica; la ubiquitinació també té funcions no degradatives.
12	Per què l'ADN es desplaça cap a l'ànode en gels d'agarosa i com se separen els fragments lineals?	L'esquelet de fosfats té càrrega negativa. En condicions habituals, els fragments lineals comparables més petits migren més de pressa; la conformació i les condicions del gel també hi influeixen.
13	Com pot reprimir la transcripció la metilació d'illes CpG promotores en mamífers?	Pot reclutar repressors que reconeixen CpG metilat i proteïnes modificadores de la cromatina, sovint reduint l'accessibilitat del promotor i la transcripció. L'efecte depèn del context genòmic i cel·lular.
14	Quins tres processos solen madurar un pre-ARNm eucariota amb introns?	Addició d'una caputxa de 7-metilguanosina a 5′, eliminació d'introns amb unió d'exons, i tall a 3′ seguit de l'addició d'una cua poli(A). Són vies habituals, no requisits de tots els transcrits.
15	Quina maquinària elimina la majoria dels introns del pre-ARNm nuclear i quins en són els dinucleòtids limítrofs habituals?	L'espliceosoma major utilitza les snRNP U1, U2, U4, U5 i U6. La majoria dels seus introns comencen amb 5′-GU i acaben amb AG-3′; hi ha excepcions i un espliceosoma menor.
16	Quines són les tres etapes d'un cicle típic de PCR amb Taq?	Desnaturalització de l'ADN a uns 94–96°C, hibridació dels encebadors sovint entorn de 50–65°C i extensió al voltant de 72°C. Les temperatures reals depenen dels encebadors, l'enzim i el protocol.
17	Com afavoreix l'atenuació de l'operó trp d'E. coli l'abundància d'ARNtᵀʳᵖ carregat?	El ribosoma tradueix sense aturar-se els codons Trp de la regió líder. Això afavoreix la forquilla terminadora 3–4 en lloc de l'antiterminadora 2–3 i causa una terminació primerenca de la transcripció.
18	Què transcriuen principalment les ARN-polimerases nuclears I, II i III en cèl·lules humanes?	I: un precursor dels ARNr 18S, 5.8S i 28S. II: pre-ARNm que codifiquen proteïnes i molts ARN nuclears petits. III: ARNt, ARNr 5S i altres ARN petits.
19	Què catalitza la formació de l'enllaç peptídic al ribosoma?	El centre peptidil-transferasa de la subunitat gran és un catalitzador basat en ARN: el seu nucli catalític el formen l'ARNr 23S en bacteris i l'ARNr 28S als ribosomes citoplasmàtics humans.
20	Com produeix SpCas9 dirigida per una guia una ruptura de doble cadena de l'ADN?	L'ARN guia posiciona Cas9. El domini HNH talla la cadena complementària a la guia i el domini RuvC talla l'altra, normalment prop de tres parells de bases abans del PAM.
21	Quin element bacterià freqüent d'unió al ribosoma ajuda a situar el codó d'inici?	La seqüència de Shine–Dalgarno, sovint representada pel consens AGGAGG, s'aparella amb l'extrem 3′ de l'ARNr 16S. No tots els ARNm bacterians utilitzen aquest element.
22	Com afecten la cromatina les acetiltransferases i desacetilases d’histones?	Les HAT afegeixen grups acetil a lisines, neutralitzant-ne la càrrega positiva i afavorint sovint l'accessibilitat. Les HDAC eliminen aquests grups i sovint afavoreixen la repressió. Cap de les dues modificacions garanteix l'activitat d'un gen concret.
23	Com pot l'empalmament alternatiu augmentar la diversitat proteica d'un sol gen?	Diferents eleccions de llocs d'empalmament i combinacions d'exons poden produir diferents ARNm i isoformes proteiques. No tots els productes d'empalmament originen una proteïna estable i funcional.
24	Quins codons d'aturada del codi estàndard desencadenen l'alliberament del polipèptid i què els reconeix?	UAA, UAG i UGA són reconeguts per factors proteics d'alliberament al lloc A del ribosoma. Afavoreixen la hidròlisi de l'enllaç que uneix el polipèptid al seu ARNt.
25	Com funciona un terminador intrínsec típic de la transcripció bacteriana?	Una forquilla d'ARN rica en GC seguida d'un tram ric en U afavoreix la pausa i desestabilitza el complex de transcripció, permetent alliberar l'ARN sense el factor Rho.
26	Quan activa intensament CAP–AMPc l'operó lac d'E. coli?	L'escassetat de glucosa sol elevar l'AMPc i permet que CAP/CRP–AMPc faciliti el reclutament de l'ARN-polimerasa. Una transcripció intensa també requereix alleujar la repressió per LacI, normalment amb al·lolactosa; l'escassetat de glucosa sola no basta.
27	Quin component de l'ARN-polimerasa reconeix els elements promotors habituals −10 i −35 d'E. coli?	El factor sigma σ⁷⁰, que ajuda l'holoenzim de l'ARN-polimerasa bacteriana a reconèixer aquests promotors.
28	La transcripció inversa contradiu el dogma central original de Crick?	No. La via habitual d'expressió és ADN → ARN → proteïna, mentre que la transcriptasa inversa copia ARN en ADN. El dogma de Crick exclou transferir informació de seqüència des d'una proteïna cap a un àcid nucleic o una altra seqüència proteica.
29	En la via canònica del miARN animal, quin enzim processa el pre-miARN després de l'exportació al citoplasma?	Dicer talla el precursor en forquilla i forma un dúplex curt d'ARN, habitualment d'uns 21–23 nucleòtids per cadena. La interferència d'ARN utilitza petits ARN guia per reduir l'expressió gènica; no tots els miARN segueixen aquesta via.
30	Quin enllaç del llaç es forma durant l'empalmament espliceosomal?	L'extrem 5′ de l'intró s'uneix a l'adenosina del punt de ramificació mitjançant un enllaç fosfodièster 2′–5′, formant un intermediari ramificat en llaç.
31	Tots els enzims de restricció de tipus II reconeixen seqüències palindròmiques?	No. EcoRI reconeix el palíndrom 5′-GAATTC-3′, que es llegeix igual de 5′→3′ en totes dues cadenes. Els enzims de tipus IIS pertanyen al tipus II, reconeixen seqüències asimètriques i tallen fora d'aquestes.
32	Què significa la degeneració del codi genètic estàndard?	Diferents codons poden especificar el mateix aminoàcid; per exemple, sis codons especifiquen leucina. No vol dir que cada codó especifiqui habitualment diversos aminoàcids.